Теория эволюции сталкивается еще с одним затруднением. Как именно должна была осуществляться эволюция? Какой основной механизм позволил организмам одного типа, как предполагают, эволюционировать в организмы другого типа? По мнению эволюционистов, в этом играют роль различные изменения внутри ядра клетки. И первое место среди них занимают «случайные» изменения, так называемые мутации. Считается, что мутационные изменения происходят в генах и хромосомах половых клеток и поэтому могут быть переданы потомству.
«Мутации... являются основой эволюции», - говорится в The World Book Encyclopedia. Также палеонтолог Стивен Стэнли назвал мутации «сырьем» для эволюции. А генетик Пео Коллер заявил, что мутации «необходимы для эволюционного прогресса».Однако для эволюции требуются не просто первые попавшиеся мутации.Необходимо медленное скопление благоприятных мутаций.
Как возникают мутации? Считается, что большая их часть происходит в обычном процессе воспроизведения клетки. Но эксперименты показывают, что мутации могут быть вызваны также и внешними факторами, например радиацией и химическими веществами. А как часто они происходят? Воспроизведение генетического материала в клетке обладает удивительным постоянством. По сравнению с числом клеточных делений в организме, мутации происходят не очень часто. Согласно Encyclopedia Americana (Американская энциклопедия), воспроизведение «цепочек ДНК, составляющих ген, осуществляется удивительно точно. Опечатки или ошибки в копировании являются редкими авариями».
Если благоприятные мутации являются основой эволюции, то насколько велика доля мутаций, являющихся благоприятными? В этом пункте среди эволюционистов существует поразительное согласие. Например, Карл Сейган заявляет: «Большинство из них вредны или смертельны». Пео Коллер утверждает: «Большая доля мутаций вредна для особи, которая несет мутантный ген. Эксперименты показали, что на каждую удачную или полезную мутацию приходятся тысячи вредных».
Следовательно, если не считать «нейтральных» мутаций, вредные мутации превышают якобы благоприятные по частоте в несколько тысяч раз. Подобные результаты следует ожидать при случайных изменениях в любой высокоорганизованной системе. Поэтому мутации считаются причиной сотен генетически обусловленных болезней.
Ввиду пагубной сущности мутаций, Encyclopedia Americana признала: «Факт, что большинство мутаций вредит организму, кажется вряд ли совместимым с представлением, что мутации являются источником основного материала для эволюции. В самом деле, мутанты, изображенные в биологических учебниках, представляют собой коллекцию уродов и чудовищ, и мутация, видимо, является скорее разрушительным, чем созидательным процессом». Когда насекомых, претерпевших мутацию, помещали в условия конкуренции с нормальными насекомыми, результат был всегда один и тот же. После большего или меньшего числа поколений мутанты вытесняются. Они не могли конкурировать, потому что они не совершенствовались, но были дегенеративными и находились в невыгодном положении.